Soll eine Collection gelöscht werden, so ist es lediglich notwendig, mittels rechter Maustaste auf den Collection-Namen in der linken Bildschirmhälfte zu klicken. Alternativ ist es möglich in einem geöffneten Tab der Collection über die Menüpunkte Collection > Löschen... die entsprechende Funktion auszuführen.
In dem sich öffnenden Popup-Fenster muss der Löschvorgang nur noch bestätigt werden und die Collection wird mitsamt der darin enthaltenden Datensätze von der MongoDB-Instanz entfernt.