Mongo Management Studio unterscheidet vier Arten von Abfragen. Die "Find"-Abfrage (F), Abfragen mittels Aggregation Fragewort (A), serverseitige Script Abfragen (S), bei der die Befehle über die db.command() Funktion des MongoDB node.js Treibers ausgeführt werden sowie ein Konsolenmodus (C), in dem direkt native Mongo-Shell Befehle eingegeben werden können. Den jeweiligen Modus kann man über die Symbolleiste innerhalb eines Tabs einstellen. Dabei hat jeder Modus seine eigene Eingabemaske. Für jede Eingabemaske kann man ein Farbschema festlegen. Beim Wechseln zwischen den Modi bleiben die Eingaben erhalten, die Abfrage wird aber nicht automatisch gestartet.