Mongo Management Studio unterscheidet drei Arten von Abfragen. Die "Find"-Abfrage (F), Abfragen mittels Aggregation Fragewort (A) sowie ein Konsolenmodus (C), in dem direkt Mongo-Shell Befehle eingeben kann. Den jeweiligen Modus kann man über die Symbolleiste innerhalb eines Tabs einstellen. Dabei hat jeder Modus seine eigene Eingabemaske. Für jede Eingabemaske kann man ein Farbschema festlegen. Beim Wechseln zwischen den Modi bleiben die Eingaben erhalten, die Abfrage wird aber nicht automatisch gestartet.