Um eine Datenbank zu reparieren klickt man mit der rechten Maustaste auf den Datenbanknamen und wählt im Kontextmenü den Eintrag "Reparieren". Dabei wird die ausgewählte Datenbank auf mögliche Fehler und inkonsistente Datenspeicherung geprüft und diese notfalls behoben. Des Weiteren werden alle Indizes innerhalb der Datenbank neu erstellt.
Dieser Befehl erzeugt eine globale Schreibsperre und blockiert andere Operationen, bis er abgeschlossen wurde.
Diese Funktion erfordert zusätzlichen Speicherplatz gleich der Größe Ihrer aktuellen Datensatzes plus 2 Gigabyte.
Noch detailiertere Erläuterungen zu dieser Funktionalität kann man unter http://docs.mongodb.org/manual/reference/command/repairDatabase/ nachlesen.