Mongo Management Studio unterscheidet drei Arten von Abfragen. Die "Find"-Abfrage, Abfragen mittels Aggregation Framework und serverseitige Script Abfragen, bei der die Befehle über die db.command() Funktion des MongoDB node.js Treibers ausgeführt werden. Den jeweiligen Modus kann man über die Symbolleiste innerhalb eines Tabs einstellen. Dabei hat jeder Modus seine eigene Eingabemaske.. Beim Wechseln zwischen den Modi bleiben die Eingaben erhalten, die Abfrage wird aber nicht automatisch gestartet.
Mongo Management Studio differentiates between four types of queries, the "Find" query (F), queries with aggregation interrogative (A), server side scripts (S) queries which are executed with the db.command() function as well as a console mode (C) where Mongo shell commands can be entered directly and where process by the native mongo shell. Each mode can be set via the toolbar within a tab and has its own input mask. For each input screen you can specify a color scheme. When switching between the modes previously entered queries remain, but the query will not start automatically.